中日友好医院以呼吸医学、中西医结合医学、器官移植、肿瘤综合治疗为主线。内分泌科、胸外科、中医风湿病科、中西医结合肿瘤内科、中医肺病科、临床护理、呼吸与危重症医学科、肛肠科、风湿免疫科、急诊医学科、老年病科、疼痛科、肾病科、神经外科、心脏科、皮肤科、泌尿外科、消化科(含内镜中心)、普外科(肝胆外科)19个科室及专业被评为国家临床重点专科建设项目，有效专利累计750余件。

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